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= Les jeudi Sage à Bordeaux = = (autour de Sage, PARI/GP, et plus) = ''Prochaine séance le jeudi 13 avril en salle 71 de 9:00 à 13:00 puis en salle 76 de 13:00 à 17:00.'' Nous nous réunissons les jeudi au [[http://www.labri.fr/index.php?n=Com.Plan|LaBRI]] pour programmer autour du logiciel Sage. Ces journées ont commencé le 13 avril 2017. Cette page permet de suivre l'activité des rencontres. == Projets en cours == == Idées == |
## page was renamed from thursdays_bordeaux = Les jeudi sages à Bordeaux (autour de Sage, PARI/GP, et plus) = ''les jeudis 10h à 12h en salle 74 VISIO du LaBRI ou/et sur [[https://gather.town/app/Hb6OqcTlc4zMgu4b/LaBRI|gathertown salle 76]].'' ''Prochaine séance: 8 sept 2022'' Nous nous réunissons les jeudi au [[http://www.labri.fr/index.php?n=Com.Plan|LaBRI]] pour discuter et programmer autour des logiciels de calculs formels. Les journées restent centrées sur [[http://www.sagemath.org/|Sage]] et [[http://pari.math.u-bordeaux.fr/|PARI/GP]] mais elles sont ouvertes à tous/toutes. Le principe est que si vous avez des questions vous venez les poser et si vous savez des choses vous venez les partager. Certains jeudi seront centrés sur des thématiques sous forme de mini-cours ou démonstration. Pour être tenu informé vous pouvez vous abonner à la [[https://diff.u-bordeaux.fr/sympa/info/sage-bordeaux|liste de diffusion]]. == Débutants == * Pour apprendre Python, on recommande la lecture de [[http://openbookproject.net/thinkcs/python/english3e/|How to Think Like a Computer Scientist]] * Pour installer !SageMath, https://doc.sagemath.org/html/en/installation/ * Pour apprendre !SageMath, on recommande la lecture de [[http://sagebook.gforge.inria.fr/|Calcul mathématique avec Sage]] (aussi traduit en anglais et allemand) et bien sûr de participer aux séances du jeudi matin == Développeurs == Mot clé pour trac: [[https://trac.sagemath.org/query?status=closed&status=needs_info&status=needs_review&status=needs_work&status=new&status=positive_review&keywords=~thursdaysbdx&col=id&col=summary&col=status&col=time&col=changetime&col=author&col=reviewer&desc=1&order=status|thursdaysbdx]] Idées et Projets en cours: * les nombres réels [[https://trac.sagemath.org/ticket/17713|#17713]] * relecture de la [[https://members.loria.fr/PZimmermann/sagebook/english.html|version anglaise du Calcul mathématique avec Sage]] * [[https://github.com/videlec/pplpy|pplpy]]: interface Pyton à la librairie [[http://bugseng.com/products/ppl/ppl|Parma Polyhedra Library (PPL)]] * algèbre linéaire dans Sage ([[http://flintlib.org/|flint]], [[http://www.linalg.org/|LinBox]], [[https://cs.uwaterloo.ca/~astorjoh/iml.html|IML]]) [[https://trac.sagemath.org/ticket/22872|#22872]] * Integration de pplpy comme package Sage [[https://trac.sagemath.org/ticket/23024|#23024]]. * gmpy2 et Sage [[https://trac.sagemath.org/ticket/22927|#22927]] and [[https://trac.sagemath.org/ticket/22928|#22928]] * interfacer des librairies d'automates: Wali (ancien Vaucanson) ou [[http://fado.dcc.fc.up.pt/|Fado]] |
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* arbres non ambigus | * arbres non ambigus [[https://trac.sagemath.org/ticket/16192|#16192]] |
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* systèmes linéaires creux exactes (voir [[http://www.linalg.org/|linbox]] ainsi que [[https://groups.google.com/forum/#!topic/sage-devel/CfWRDIIEKnQ|ce fil sur sage-devel]]) | |
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* [[https://github.com/videlec/pplpy|pplpy]] * portage de [[http://perso.ens-lyon.fr/bruno.salvy/software/the-gfun-package/|gfun]] |
* portage de [[http://perso.ens-lyon.fr/bruno.salvy/software/the-gfun-package/|gfun]] (voir le paquet [[http://marc.mezzarobba.net/code/ore_algebra-analytic/|ore_algebra-analytic]] développé par Marc Mezzarobba) |
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* implémenter [[http://math.stackexchange.com/questions/1798383/integer-partition-refinement-in-sage|ce truc sur les partitions]] | * implanter [[http://math.stackexchange.com/questions/1798383/integer-partition-refinement-in-sage|ce truc sur les partitions]] * implanter des algorithmes pour des calculs de dimension de Hausdorff et exposants de Lyapunov * https://matheuscmss.wordpress.com/2017/02/04/soft-bounds-on-the-hausdorff-dimension-of-dynamical-cantor-sets/ * Hensley "A polynomial time algorithm for the Hausdorff dimension of continued fraction Cantor Sets" (1994) * Pollicott "Maximal Lyapunov exponents for random matrix products" (2010) * corriger et améliorer les dessins hyperboliques (dim 2) * [[https://trac.sagemath.org/ticket/23427|#23427]] * supports pour les horocycles et les polygones fait de bords géodésiques et horocycliques * nettoyer le code de Milton sur les substitutions géométriques (Ek star) |
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==== jeudi 10 février 2022 ==== Jana, Pascal, Xavier, Sébastien ==== jeudi 3 février 2022 ==== Une dizaine de participants aujourd'hui. ==== jeudi 27 janvier 2022 ==== Projets pour Steffania qui a fait un cours sur les elliptic curves avec Xavier Caruso: * Des tickets à reviewer pour plus tard sur les elliptic curves suggérés par Vincent: https://trac.sagemath.org/ticket/33223 * Improve the Installation Guide : https://doc.sagemath.org/html/en/installation/ * Improve the documentation on elliptic curves: https://doc.sagemath.org/html/en/reference/arithmetic_curves/index.html Installation de Sage sur MacOSX avec l'aide de Samuel Lelièvre: {{{ ----- Mail transféré ----- De: "Samuel Lelièvre" Pascal, Ça marcherait pareil quel que soit l'endroit où on l'installe, à mon avis. Voici une version avec ce choix en plus. ``` INSTALL_LOCATION=$HOME # or your choice of location SITE='https://github.com' DIRS='isuruf/sagemath-forge/releases/latest/download' FILE="sagemath-forge-$(uname)-$(uname -m).sh" cd $INSTALL_LOCATION curl -L -O $SITE/$DIRS/$FILE bash $FILE ``` Pour ce qui est de trouver Sage, j'ai oublié une indication. Une fois sagemath-forge installé, on a en fait installé une distribution Conda. On peut activer ou désactiver Conda. Lorsqu'il est activé, le PATH est modifié pour que tout ce qui a été installé via Conda soit accessible. Donc pour utiliser la version de Sage installée via Conda: ``` $ conda activate # on active Conda $ which sage /chemin/vers/sagemath-forge/bin/sage $ sage ┌────────────────────────────────────────────────────────────────────┐ │ SageMath version 9.4, Release Date: 2021-08-22 │ │ Using Python 3.8.12. Type "help()" for help. │ └────────────────────────────────────────────────────────────────────┘ sage: %colors Linux sage: quit Exiting Sage (CPU time 0m0.12s, Wall time 0m16.08s). $ conda deactivate # pour désactiver Conda ``` Si on veut que Conda soit toujours activé, ajouter dans un fichier exécuté au lancement du shell (dans `$HOME/.bash_profile` par exemple, si on utilise bash) une commande qui l'active: ``` conda activate ``` Amitiés, --Samuel }}} Voir aussi: https://doc.sagemath.org/html/en/installation/conda.html ==== juillet 2021 à janvier 2022 ==== On a eu plusieurs réunions dont on a pas parlé ici. ==== Séance introduction 10 juin 2021 ==== * [[https://www.labri.fr/perso/vdelecro/presentations/presentation-Sage-2021-Bordeaux.pdf|pdf de présentation (Vincent Delecroix)]] ==== jeudi 8 avril 2021 ==== Suggestion de Vincent Delecroix à Pascal Weil: Inversion of a group homomorphism on the free group: Free group in SageMath: {{{ sage: F = FreeGroup(["a", "b"]) sage: a, b = F.gens() sage: phi = libgap.GroupHomomorphismByImages(F, F, [a*b, b]) sage: phi.Inverse() [ a*b, b ] -> [ a, b ] sage: libgap.Inverse(phi) # alternative for the above (what is actually called in GAP) [ a*b, b ] -> [ a, b ] sage: phi.Inverse().Image(a) a*b^-1 sage: libgap.Image(phi.Inverse(), a) # alternative for the above a*b^-1 sage: libgap.Image(phi.Inverse(), b) b }}} Or to get the inverse image in their “SageMath version”: {{{ sage: F(libgap.Image(phi.Inverse(), a)) a*b^-1 sage: F(libgap.Image(phi.Inverse(), b)) b }}} Conversion to and from words: {{{ sage: F(a*a*b*a**-1*b*b*b).Tietze() (1, 1, 2, -1, 2, 2, 2) sage: F((1,2,-1,-1)) a*b*a^-2 }}} ==== janvier 2020 à mars 2021 ==== Nous avons continué les séances sans en faire de résumé ici. ==== jeudi 16 janvier 2020 ==== Présents: Sébastien, Jennifer, Pascal, Casey Aujourd'hui, on a revu les différences en Python2 et Python3. On trouvera ici un résumé des changements dans le passage à Python 3: https://docs.python.org/3.0/whatsnew/3.0.html https://stackoverflow.com/questions/5031625/python-3-syntax-changes On a aidé Pascal à faire fonctionner sage-9.0 sur OSX. Les nouvelles versions de OSX ont des contraintes de sécurité contraignantes empêchant d'ouvrir Sage comme répondu ici par Sylvain: https://ask.sagemath.org/question/49572/sage-90-installation-issues-on-macos-10152-catalina/ Finalement, Casey et Jennifer ont testé la nouvelle interface jupyterlab que l'on peut installer comme suit: {{{ sage –pip install jupyterlab }}} et ouvrir comme suit: {{{ sage –n jupyterlab }}} Tel que rappelé ici sur [[https://ask.sagemath.org/question/42876/other-than-jupyter-notebook-is-there-any-other-way-to-use-sage/|ask]], rappelons que quelques commandes sont nécessaires après l'installation d'une version brute de !SageMath avant de pouvoir utiliser pip et installer un package comme jupyterlab: {{{ cd $SAGE_ROOT ./sage -i openssl && ./sage -f python3 && make ssl sage –pip install jupyterlab }}} ==== jeudi 9 janvier 2020 ==== SageMath vient de passer à Python 3, version 3.7.3: {{{ ┌────────────────────────────────────────────────────────────────────┐ │ SageMath version 9.0, Release Date: 2020-01-01 │ │ Using Python 3.7.3. Type "help()" for help. │ └────────────────────────────────────────────────────────────────────┘ sage: }}} ==== jeudi 14 nov 2019 ==== Présents: Sébastien, Jennifer, Pascal On a parlé de mutabilité, de fonctions de hash et structures de données en Python. Passage à Python 3: voir ce [[https://www.artima.com/weblogs/viewpost.jsp?thread=98196|message]] de mars 2005 de Guido van Rossum au sujet de map, filter, lambda, reduce. Sébastien corrige les problèmes associé à la méthode hash dans son package slabbe. En effet, le nouveau comportement de hash en Python 3 est expliqué ci-bas: {{{ fichier.py content: r""" New Hash behavior in Python 3 This works in python2:: $ python2 fichier.py 8743430846773 20 25 But it does not work in Python3:: $ python3 fichier.py 8759442356870 20 Traceback (most recent call last): File "fichier.py", line 16, in <module> print(hash(Fraise(25))) TypeError: unhashable type: 'Fraise' The reason is to keep the principle "if A = B implies hash(A) == hash(B)" valid. In Python 3, the default is that objects are hashable by their id (class Vegetable in the example below). But as soon as the equality `__eq__` is defined (class Fruit in the example below), one must define the `__hash__` method. And this is the case even if it is defined in the parent (class Fruit in the example below). """ class Vegetable(object): def __init__(self, a): self._a = a class Fruit(object): def __init__(self, a): self._a = a def __hash__(self): return hash(self._a) class Fraise(Fruit): def __eq__(self, other): return self._a == other._a print(hash(Vegetable(10))) print(hash(Fruit(20))) print(hash(Fraise(25))) }}} ==== jeudi 7 nov 2019 ==== Présents: Sébastien, Casey, Jennifer, Sebastian, Pascal, Julien Leroy Pascal nous a présenté son [[https://www.labri.fr/perso/weil/software/|package stallings_graphs]] ==== 31 octobre au 3 novembre 2019 ==== Conférence PyCON à Bordeaux: https://www.pycon.fr/2019/ ==== jeudi 23 mai 2019 ==== Présents: Sébastien, Vincent K, Pascal Sébastien: création d'un fichier de test (en rst) contenant le code contenu dans l'article http://arxiv.org/abs/1802.03265 pour assurer la reproducibilité des résultats à long terme. Vincent K: * Complétion de [[https://trac.sagemath.org/ticket/27777|#27777]] * Échanges avec Sébastien sur les intégrales monte carlo. ==== jeudi 16 mai 2019 ==== Présents: Sébastien, Vincent K, Pascal, Adrien ==== jeudi 9 mai 2019 ==== Présents: Sébastien, Vincent K, Pascal Sébastien: * posé une question au sujet des tag build et dochtml sur [[https://groups.google.com/d/msg/sage-devel/h9AzZ4jfSRU/Cl9NTaaIAgAJ|sage-devel]] * discuté avec Pascal sur l'utilisation du package traintrack * [[https://trac.sagemath.org/ticket/27781|#27781]] needs review et création de #27782 et #27783 ==== jeudi 2 mai 2019 ==== Présents: Sébastien, Vincent K, Xavier Sébastien: amélioration de la documentation et du README de slabbe pour corriger le bug d'affichage sur PyPI. Il y a une nouvelle ligne `long_description_content_type` à mettre dans le fichier setup. Voir ici: [[https://packaging.python.org/guides/making-a-pypi-friendly-readme/|making a PyPI friendly README]]. ==== jeudi 11 avril 2019 ==== Présents: Pascal, Vincent K Vincent K: * gmpy2 : Permettre aux objets mpq d'être initialisée avec des entiers sage : [[https://github.com/aleaxit/gmpy/issues/237|issue #237]], [[https://github.com/aleaxit/gmpy/pull/240|PR #240]] * gmpy2 : Modifications pour ne pas appeler mpc_cmp_abs pour les anciennes version de mpc : [[https://github.com/aleaxit/gmpy/issues/238|issue #238]], [[https://github.com/aleaxit/gmpy/pull/239|PR #239]] * Discussion avec Pascal sur le passage à python3 des packages. ==== jeudi 4 avril 2019 ==== Présents: Adrien, Pascal, Vincent K ==== jeudi 21 mars 2019 ==== Présents: Adrien, Sébastien, Vincent K, Xavier * Vincent: gmpy2: [[https://github.com/aleaxit/gmpy/pull/231|PR #231]]: Résolution de compilation warnings, et d'erreurs de doctests, ajout d'un flag de doctests pour les cas ou l'on utilise une version de mpc < 1.0.0. * Adrien: split tikz code in polyomino module * Sébastien: correction de failing doctests dans le package slabbe ==== jeudi 14 mars 2019 ==== Présents: Sébastien, Vincent K, Pascal, Jean-Philippe Labbé Pascal et Sébastien: * Problème de compilation de la documentation du package stallings_graph de Pascal. Solution: il faut importer tout le cmd_line de sage dans le fichier {{{__init__.py}}} du package pour que Sphinx soit content. JP: * [[https://trac.sagemath.org/ticket/24905|#24905]] Upgrade polymake to version 3.2r4 Vincent: * sage/polymake: Problèmes de compilation de polymake avec Jean-Philippe Labbé. * gmpy2: Ajout de tests de couverture (opérations binaires). ==== jeudi 7 mars 2019 ==== Présents: Sébastien, Vincent K, Pascal, Adrien Pascal et Sébastien: * Création de la documentation d'un package avec Sphinx (sphinx-quickstart, fichiers rst, {{{conf.py}}}, etc.) ==== jeudi 28 février 2019 ==== Présents: Sébastien, Vincent K Jeudi sage éclair : Discussion d'une demi-heure environ sur les tickets [[https://trac.sagemath.org/ticket/25614|#25614]] et [[https://trac.sagemath.org/ticket/26592|#26592]] Sébastien: * [[https://trac.sagemath.org/ticket/25614|#25614]] (needs review) Vincent K: * Review [[https://trac.sagemath.org/ticket/25614|#25614]] (positive review) ==== jeudi 21 février 2019 ==== Pause. ==== jeudi 14 février 2019 ==== Présents: Vincent K, Pascal CONFERENCE, [[https://opendreamkit.org/2019/02/11/FreeComputationalMathematicsConference/|Free Computational Mathematics]], Calcul mathématique libre, CIRM Luminy, 11 - 15 February 2019 ==== jeudi 7 février 2019 ==== Présents: Sébastien, Vincent K ==== jeudi 31 janvier 2019 ==== Présents: Sébastien, Vincent K, Adrien, Pascal Sébastien: * [[https://trac.sagemath.org/ticket/25535|#25535]] (needs review) Vincent K: * Review [[https://trac.sagemath.org/ticket/25535|#25535]] (positive review) * Echanges avec Adrien sur l'avenir de la class Derangement [[https://trac.sagemath.org/ticket/26886|#26886]] * pplpy: suivi et tests de solution sur le sujet de la génération de la doc sphinx par sage. [[https://trac.sagemath.org/ticket/23024|#23024]] ==== jeudi 24 janvier 2019 ==== Présents: Sébastien, Vincent K, Adrien Comment installer et utiliser RISE, une extension du Jupyter Notebook pour faire des présentations éditables. Il ne suffit pas de l'installer il faut aussi recopier les css au bon endroit. Il suffit de faire: {{{ sage -pip install rise sage -sh jupyter-nbextension install rise --py --sys-prefix }}} Après on peut consulter ce [[https://youtu.be/sXyFa_r1nxA|démo]] sur youtube et la [[https://rise.readthedocs.io/en/docs_hot_fixes/index.html|doc est ici]]. ==== jeudi 17 janvier 2019 ==== * Atelier [[https://pari.math.u-bordeaux.fr/Events/PARI2019/|PARI/GP 2019]] ==== jeudi 10 janvier 2019 ==== Présents: Sébastien, Vincent K, Pascal, Xavier Sébastien * [[https://trac.sagemath.org/ticket/25384|#25384]] sage --jupyter command line (needs review) Vincent * review [[https://trac.sagemath.org/ticket/25535|#25535]] * cysignals windows. ==== jeudi 20 décembre 2018 ==== Présents: Sébastien, Vincent K, Pascal, Adrien Sébastien: * [[https://trac.sagemath.org/ticket/26361|#26361]] Glucose SAT solver (needs review) * [[https://trac.sagemath.org/ticket/25501|#25501]] Few failing internet doctests in mma_free_integrator (needs review) * [[https://trac.sagemath.org/ticket/26920|#26920]] 2 failing doctests in sql_db.py (création du ticket) * [[https://trac.sagemath.org/ticket/26921|#26921]] 1 internet doctest failing in combinat/tutorial.py (création du ticket, needs review) Vincent: * cysignals-windows : Nouvelles évolutions et rebases sur la [[https://github.com/sagemath/cysignals/pull/76|PR-76]] * Dans le cadre du ticket [[https://trac.sagemath.org/ticket/26884|#26884]. Discussion avec Adrien sur les notions de morphism et parent commun. ==== jeudi 13 décembre 2018 ==== Présents: Sébastien, Vincent K, Pascal, Xavier, Adrien, Florent 10h-10h20: un exposé de Florent Hivert, Expérimentations haute performance en combinatoire algébrique et énumérative Sébastien: * comparaison des MILP solvers, SAT solvers et dancing links via des pavages par tuiles de Wang, les détails sur ce [[http://www.slabbe.org/blogue/2018/12/comparison-of-wang-tiling-solvers/|blogue]] * reviewé le code de Adrien sur les polyomino parallélogrammes (positive review!!) * (needs review) correction de l'utilisation de Wolfram Alpha [[https://trac.sagemath.org/ticket/25501|#25501]] grâce au code suggéré par Amaury Pouly ==== jeudi 29 novembre 2018 ==== Présents: Sébastien, Vincent K, Pascal Sébastien: * Review des polyominos paralélogrammes [[https://trac.sagemath.org/ticket/16110|#16110]] * Discussion avec Pascal sur la création de son package, des dépendances, et de l'utilisation de git. ==== jeudi 22 novembre 2018 ==== Présents: Adrien, Vincent K. Vincent K: * Complétion du ticket [[https://trac.sagemath.org/ticket/26704|#26704]]. * Review [[https://trac.sagemath.org/ticket/26737|#26737]]. positive review. ==== jeudi 15 novembre 2018 ==== Présents: Adrien, Vincent K., Sébastien, Pascal, Xavier, Ilya Avec Ilya, nous avons trouvé trois lignes de code pour que les `.plot()` ouvre des pdf plutôt que des png: {{{ sage: from sage.repl.rich_output import get_display_manager sage: dm = get_display_manager() sage: dm.preferences.graphics = 'vector' # value must be unset (None) or one of ('disable', 'vector', 'raster') }}} All tests passed in the package of Pascal! Vincent K: Sortie de la dernière version de gmpy2: * Tests de gmpy2 * Mise à jour pplpy [[https://gitlab.com/videlec/pplpy/merge_requests/3|MR3]], [[https://gitlab.com/videlec/pplpy/merge_requests/2|MR2]]. * Mise à jour et tests du package sage gmpy2 [[https://trac.sagemath.org/ticket/25519|#25519]] * Examen avec Adrien des erreurs sage python3 du module modular/hecke ==== jeudi 8 novembre 2018 ==== Présents: Adrien, Vincent K., Sébastien, Pascal, Xavier Sébastien, Pascal: création d'un package Python sur les Finitely generated subgroups Adrien: finalisation des corrections sur les polyominos paralélogrammes [[https://trac.sagemath.org/ticket/16110|#16110]] Vincent K.: * Review [[https://trac.sagemath.org/ticket/26651|#26651]] (positive review) * Examen avec Adrien d'une différence py2 - py3 apparue sous root_lattice_realizations.py. * Ouverture [[https://trac.sagemath.org/ticket/26659|#26659]] Xavier: Coder les piecewise affine function dans Sage ==== jeudi 1 novembre 2018 ==== vacances de la Toussaint ==== jeudi 25 octobre 2018 ==== Présents: Adrien, Vincent K., Sébastien, Andrew. Sébastien: Création d'un package pour glucose dans Sage: [[https://trac.sagemath.org/ticket/26552|#26552]] ==== jeudi 18 octobre 2018 ==== Présents: Pascal, Adrien, Vincent K., Sébastien. Sébastien: Discussion avec Pascal sur son projet de Stallings graphs. Création de [[https://trac.sagemath.org/ticket/26502|#26502]] ==== jeudi 11 octobre 2018 ==== Présents: Pascal, Adrien, Vincent K. Sébastien (au Québec) a fait la revue de [[https://trac.sagemath.org/ticket/26486|#26486]] (clean distances_all_pairs.pyx) et [[https://trac.sagemath.org/ticket/26348|#26348]] (3 other internet doctests failing in findstat.py) et a bossé sur: [[https://trac.sagemath.org/ticket/26473|#26473]] (py3: fix doctests failures of sage/combinat/words/word_*datatype*) ==== jeudi 4 octobre 2018 ==== Présents: Pascal, Adrien, Vincent K. Sébastien (au Québec): [[https://trac.sagemath.org/ticket/25378|#25378]] (I/O operation on closed file when sage -t --optional=sage,external --logfile is_provided.log) ==== Jeudi 5 juillet 2018 ==== Présents: Sébastien, Vincent K. Sébastien: * [[https://trac.sagemath.org/ticket/25537|#25537]]: needs review * reviewed: [[https://trac.sagemath.org/ticket/23416|#23416]] ==== Jeudi 28 juin 2018 ==== Présents: Pascal, Milton, Vincent K. Milton nous as présenté ses travaux sur les fractions continues multidimensionnelles. Vincent K. : * [[https://trac.sagemath.org/ticket/25661|#25661]]: Implémentation et tests. * cysignals-windows: Rebase sur la prochaine version cysignals. ==== Jeudi 21 juin 2018 ==== Présents: Vincent K, Sébastien, Nicolas, Mélodie, Milton Sébastien: * reviewed [[https://trac.sagemath.org/ticket/25525|#25525]], [[https://trac.sagemath.org/ticket/25526|#25526]] ==== Jeudi 14 juin 2018 ==== Présents: Pascal, Vincent K. ==== Jeudi 7 juin 2018 ==== Présents: Pascal, Sebastien, Vincent D., Vincent K., Elise Vandomme ... (à compléter) ==== Jeudi 31 mai 2018 ==== Présents : Pascal, Milton, Vincent K ==== Jeudi 24 mai 2018 ==== Présents : Sébastien, Pascal, Milton, Vincent K, Andrew * 10h à 10h10: Andrew, C code to solve system of functional equations for series Sébastien: * fixed issues in [[https://trac.sagemath.org/ticket/25125|#25125]] which needs review * reviewed [[https://trac.sagemath.org/ticket/10091|#10091]] ==== Jeudi 17 mai 2018 ==== Présents : Sébastien, Pascal, Milton, Vincent K, Vincent D, Mélodie, Nadia, David, Yvan, Michael * 10h à 10h10: Yvan Le Borgne, utilisation de Jupyter pour faire des présentations https://www.labri.fr/perso/borgne/Jupyter/ * 10h15 à 10h25: Michael Wallner, utilisation de gfun dans maple, http://perso.ens-lyon.fr/bruno.salvy/software/the-gfun-package/ * 10h30 à 10h40: S. Labbé, démo de code C, Cython et Python dans SageMath. Voir les fichiers dancing_links.pyx et dancing_links.h dans le [[https://github.com/sagemath/sage/tree/master/src/sage/combinat/matrices|github de SageMath]] qui interfacent en Cython une implémentation C++ de l'algorithme [[https://en.wikipedia.org/wiki/Dancing_Links|Dancing Links]] de [[https://arxiv.org/abs/cs/0011047|Donald Knuth]]. '''Utilisation de code C dans un fichier externe dans une cellule Jupyter grâce à Cython''' Contenu du fichier test.c: {{{ int my_function(int x) { return x*x; } }}} Contenu du fichier test.h: {{{ int my_function(int x); }}} Contenu d'une cellule Jupyter dans le même répertoire que les fichiers test.h et test.c: {{{ %%cython # distutils: sources = test.c cdef extern from "test.h": int my_function(int) def my_function_wrapper(int a): return my_function(a) }}} Contenu d'une autre cellule normale: {{{ my_function_wrapper(10) }}} Vincent D: * new ticket [[https://trac.sagemath.org/ticket/25379|#25379]], [[https://trac.sagemath.org/ticket/25385|#25385]] * review [[https://trac.sagemath.org/ticket/25209|#25209]], [[https://trac.sagemath.org/ticket/24783|#24783]], [[https://trac.sagemath.org/ticket/25379|#25379]], [[https://trac.sagemath.org/ticket/25305|#25305]], [[https://trac.sagemath.org/ticket/20181|#20181]], [[https://trac.sagemath.org/ticket/25377|#25362]], [[https://trac.sagemath.org/ticket/25377|#25362]], [[https://trac.sagemath.org/ticket/25370|#25370]]. Sébastien: * new ticket [[https://trac.sagemath.org/ticket/25378|#25378]] Mélodie: * new ticket [[https://trac.sagemath.org/ticket/25384|#25384]] ==== Jeudi 10 mai 2018 ==== Congé. ==== Jeudi 3 mai 2018 ==== Présents : Sébastien, Pascal, Milton * Discussion sur l'égalité et la décomposition en cycles pour les sous-groupes finiment engendrés du groupe libre * Discussion sur les Tree Patch et substitutions d'arbres ==== Jeudi 26 avril 2018 ==== Présents : Vincent K, Sébastien, Pascal * Sébastien a fait la relecture de [[https://trac.sagemath.org/ticket/25218|#25218]] * Discussion sur la création de classes pour les sous-groupes finiment engendrés du groupe libre ==== Jeudi 19 avril 2018 ==== Présents : Vincent K, Vincent D, Milton, Pascal * Pascal a présenté son projet sur les Stallings graphs ==== Jeudi 12 avril 2018 ==== Présents : Sebastien Labbé et Vincent Klein * Sébastien a fait la relecture de [[https://trac.sagemath.org/ticket/25120|#25120]] et [[https://trac.sagemath.org/ticket/25121|#25121]] * Vincent : (cysignals-windows). Dev et test sur le monkey patch des distutils pour cysignals. ==== Jeudi 5 avril 2018 ==== Présents : Sebastien Labbé, Milton et Vincent Klein * Sébastien a fait la relecture de [[https://trac.sagemath.org/ticket/24880|#24880]] * Milton et Sébastien ont finalisé l'utilisation du Minkowski embedding coder la projection des k-faces dans les substitutions géométriques : https://github.com/miltminz/EkEkstar * Vincent K. : * #24880: Gestion retours et passage en need_review. * #24966: Test sous High Sierra. ==== Jeudi 29 Mars 2018 ==== Pause, trop d'absent. ==== Jeudi 22 Mars 2018 ==== Présents : Sebastien Labbé, Pascal Weil, Milton et Vincent Klein * Milton nous a fait une démo de son code sur les substitutions géométriques : https://github.com/miltminz/EkEkstar * Pascal : Random Stallings graphs * Vincent K : cysignals-windows : Rebase et tests. * Sébastien : Aide et écriture de la démo de Milton en [[https://github.com/seblabbe/EkEkstar/blob/master/demos/2018-03-22-demo.rst|demo.rst]] et [[https://github.com/seblabbe/EkEkstar/blob/master/demos/2018-03-22-demo.ipynb|demo.ipynb]] ==== Jeudi 15 Mars 2018 ==== * Pascal : Random Stallings graphs * Vincent K : Ouverture https://github.com/sagemath/cysignals/issues/75 et merge de branches. * Sébastien : Aide et travail sur Wang tilings ==== Jeudi 8 Mars 2018 ==== * Vincent D * review [[https://trac.sagemath.org/ticket/24828|#24828 (length-checking iterator)]] * creating [[https://trac.sagemath.org/ticket/24927|#24927 (arb upgrade)]] * improving [[https://trac.sagemath.org/ticket/24575|#24575 (make and LD_LIBRARY_PATH mess)]] (voir aussi [[https://trac.sagemath.org/ticket/24902|#24902]]) * Vincent K * Passage en need review [[https://trac.sagemath.org/ticket/23852|#23852 (length-checking iterator)]]. * cysignals-windows: Fix patch distutils pour python3.4 64 bits. ==== Jeudi 8 Février 2018 ==== 9 participants! ==== Jeudi 1er Février 2018 ==== * démo par Vincent Delecroix et Bill Allombert du calcul de groupes de Galois * tentative de reproduire les calculs de Shigeki Akiyama sur les polytopes qui minimise l'aire de surface ==== Jeudi 25 janvier 2018 ==== Présents : Sebastien Labbé, Milton et Vincent Klein Vincent K. * cysignals : Etude d'une implémentation sous windows. * Suivi sur [[https://trac.sagemath.org/ticket/22928|#22928]] ==== Jeudi 18 janvier 2018 ==== Présents : Pascal Weil, Sebastien Labbé et Vincent Klein Vincent K. * Echanges avec Pascal Weil * cypari2 : Retours sur la proposition des unittest. * Point d'avancement odk avec Seb. ==== Jeudi 21 décembre 2017 ==== ... todo ... ==== Jeudi 14 décembre 2017 ==== Sébastien Labbé et Pascal Weil: * Génération aléatoire de graphes de Stallings, le code est ici: [[https://github.com/seblabbe/slabbe/blob/develop/slabbe/partial_injection.py|partial_injection.py]] ==== Jeudi 30 Novembre 2017 ==== Vincent D * discussion sur la parentalité et les catégories [[https://trac.sagemath.org/ticket/21380]] Sébastien et Vincent D: * Génération aléatoire et uniforme d'injections partielles (question de Pascal Weil) [[https://github.com/seblabbe/slabbe/blob/develop/slabbe/partial_injection.py|partial_injection.py]] Vincent K * Syntax higlihting sur le kernel jupyter de singular [[https://github.com/OpenDreamKit/OpenDreamKit/issues/175|OpenDreamKit #175]], [[https://github.com/sebasguts/jupyter_kernel_singular/pull/7| PR #7]]. ==== Jeudi 16 Novembre 2017 ==== Vincent K : * gmpy2 résolution [[https://github.com/aleaxit/gmpy/issues/170|issue #170]]. * [[https://trac.sagemath.org/ticket/22928|#22928]] conversion entre nombres complexes sage et type gmpy2. ==== Jeudi 19 octobre 2017 ==== * Sebastien nous as présenté son package slabbe Auditeurs : Philippe, José, Vincent K. ==== Jeudi 12 octobre 2017 ==== * (Vincent D) présentation du logiciel Sage (auditeurs: Philippe, Lamine). L'objectif était de montrer comment manipuler des équations (algébriques ou symboliques) ==== Jeudi 21 septembre 2017 ==== * Présentation de Vincent Klein * Présentation d'Aurel Page ==== Jeudi 14 septembre 2017 ==== Sébastien: * Review du ticket [[https://trac.sagemath.org/ticket/23779|#23779]] (positive_review): dev_tools is wrongly using globals() * Review du ticket [[https://trac.sagemath.org/ticket/23849|#23849]] (positive_review): Remove deprecation from optional_packages documentation and friends * Review du ticket [[https://trac.sagemath.org/ticket/23851|#23851]] (positive_review): Fix memoryleak introduced in #11670 * Review du ticket [[https://trac.sagemath.org/ticket/23860|#23860]] (positive_review): C++ clean up in dancing_links.pyx Vincent D: * s'est battu bat avec GAP [[https://trac.sagemath.org/ticket/23844|#23844]], [[https://trac.sagemath.org/ticket/23853|#23853]], [[https://trac.sagemath.org/ticket/23854|#23854]], les graphes ([[http://pallini.di.uniroma1.it/|nauty]] est génial!) et les polynômes de Laurent [[https://trac.sagemath.org/ticket/23864|#23864]] Vincent K: * Travail sur la generation de tests pour [[https://github.com/defeo/cypari2|cypari2]] * Syntax Highlightning de pari-jupyter : Tentative d'installation du kernel de gap [[https://github.com/gap-packages/jupyter-kernel-gap/issues/43|issue #43]] ==== Jeudi 29 juin 2017 ==== Vincent K. * Review du ticket [[https://trac.sagemath.org/ticket/22889|#22889]] (positive_review) ==== Jeudi 22 juin 2017 ==== Sylvain L. est venu nous présenter Wali (la suite de Vaucanson)! Intégration dans Sage en prévision... à suivre! Vincent D. * demande d'intégration (traduction approximative de "pull request") à gmpy2 [[https://github.com/aleaxit/gmpy/pull/148|DI #148]] et [[https://github.com/aleaxit/gmpy/pull/149|DI #149]] * [[https://github.com/aleaxit/gmpy/issues/150|issue #150]] dans gmpy2 * [[https://github.com/sympy/sympy/pull/12784|DI #12784]] dans sympy pour régler [[https://github.com/sympy/sympy/issues/12753|issue #12753]]. Et portage dans Sage avec le [[https://trac.sagemath.org/ticket/23248|ticket #23248]] * travail dans pypolymake autour de [[https://github.com/videlec/pypolymake/issues/12|issue #12]] * nouveau [[https://trac.sagemath.org/ticket/23309|ticket #23309]] pour rendre gmpy2 standard Vincent K. * Travail sur [[https://trac.sagemath.org/ticket/22928|#22928]] et [[https://trac.sagemath.org/ticket/22927|#22927]], integration du type gmpy.mpfr avec les nombres sage. * Ouverture du ticket [[https://trac.sagemath.org/ticket/23308| #23308]] ==== Jeudi 15 juin 2017 ==== Sébastien L is reviewing: * [[https://trac.sagemath.org/ticket/23162|#23162]] (positive_review) Give a warning when using citation.get_systems() without Cython profiling * [[https://trac.sagemath.org/ticket/16110|#16110]] (needs work with 21 comments:) Parallelogram Polyomino Vincent K * Travail sur pplpy * Travail sur les tickets [[https://trac.sagemath.org/ticket/23024|#23024]] et [[https://trac.sagemath.org/ticket/22928|#22928]] * Ouverture du ticket [[https://trac.sagemath.org/ticket/23246|#23246]] Vincent D * Travil sur pplpy (problème de pickling) * Ouverture du ticket [[https://trac.sagemath.org/ticket/23248|#23248]] ==== Mardi 13 juin 2017 ==== Vincent K * Travail sur pplpy. Notamment [[https://github.com/videlec/pplpy/issues/22|issue #22]] ==== jeudi 1 juin 2017 ==== Adrien is working on ticket [[https://trac.sagemath.org/ticket/16110|#16110]] of Parallelogram polyominoes. Vincent K * Travail sur l'intégration de pplpy dans sage ([[https://trac.sagemath.org/ticket/23024|#23024]]) ==== jeudi 18 mai 2017 ==== Sébastien is reviewing the following tickets and making sure they work on OSX: * [[https://trac.sagemath.org/ticket/22999|#22999]]: update cmake to version 3.8.1 * [[https://trac.sagemath.org/ticket/22817|#22817]]: Package cryptominisat 5 * [[https://trac.sagemath.org/ticket/22818|#22818]]: Interface cryptominisat 5 Vincent D & K * [[https://github.com/aleaxit/gmpy/pull/137|PR #137 pour gmpy2]] * travail sur [[https://github.com/videlec/pplpy/|pplpy]] * Ouverture et travail sur le ticket [[https://trac.sagemath.org/ticket/23024|#23024]] ==== jeudi 11 mai 2017 ==== Sébastien a reviewé: * (positive review) [[https://trac.sagemath.org/ticket/21993|#21993]]: Polyhedron.integral_points(): Overflow Error: value too large to convert to int * (needs work) [[https://trac.sagemath.org/ticket/21295|#21295]]: recognizable series (a base for k-regular sequences) Vincent D a finalisé (needs review) [[https://trac.sagemath.org/ticket/22970|#22970]]: use flint fmpq_mat for rational dense matrices Vincent K a travaillé sur [[https://trac.sagemath.org/ticket/22928|#22928]]: Conversions/coercions between gmpy2 and Sage ==== jeudi 13 avril 2017 ==== Finalement, on a plutôt travaillé dans le grand bureau de Vincent K qui offrait du réseau. Autour de [[https://github.com/aleaxit/gmpy|gmpy2]] et [[https://github.com/videlec/pplpy|pplpy]] * petit test d'utilisation de gmpy2 en cython https://github.com/vinklein/testgmpy2 et début d'intégration dans pplpy * pull request pour installer les fichier d'en-tête avec gmpy2 https://github.com/aleaxit/gmpy/pull/130 |
Les jeudi sages à Bordeaux (autour de Sage, PARI/GP, et plus)
les jeudis 10h à 12h en salle 74 VISIO du LaBRI ou/et sur gathertown salle 76.
Prochaine séance: 8 sept 2022
Nous nous réunissons les jeudi au LaBRI pour discuter et programmer autour des logiciels de calculs formels. Les journées restent centrées sur Sage et PARI/GP mais elles sont ouvertes à tous/toutes. Le principe est que si vous avez des questions vous venez les poser et si vous savez des choses vous venez les partager. Certains jeudi seront centrés sur des thématiques sous forme de mini-cours ou démonstration.
Pour être tenu informé vous pouvez vous abonner à la liste de diffusion.
Débutants
Pour apprendre Python, on recommande la lecture de How to Think Like a Computer Scientist
Pour installer SageMath, https://doc.sagemath.org/html/en/installation/
Pour apprendre SageMath, on recommande la lecture de Calcul mathématique avec Sage (aussi traduit en anglais et allemand) et bien sûr de participer aux séances du jeudi matin
Développeurs
Mot clé pour trac: thursdaysbdx
Idées et Projets en cours:
les nombres réels #17713
relecture de la version anglaise du Calcul mathématique avec Sage
pplpy: interface Pyton à la librairie Parma Polyhedra Library (PPL)
Integration de pplpy comme package Sage #23024.
interfacer des librairies d'automates: Wali (ancien Vaucanson) ou Fado
- polyomino dirigé convexes
arbres non ambigus #16192
- tableaux boisés
- polyomino parallelogramme periodique + les bandes
optimisation non-linéaire (voir scip et le ticket https://trac.sagemath.org/ticket/10879)
amélioration du patchbot
portage de gfun (voir le paquet ore_algebra-analytic développé par Marc Mezzarobba)
amélioration de AA et QQbar meta-ticket #18333
implanter ce truc sur les partitions
- implanter des algorithmes pour des calculs de dimension de Hausdorff et exposants de Lyapunov
- Hensley "A polynomial time algorithm for the Hausdorff dimension of continued fraction Cantor Sets" (1994)
- Pollicott "Maximal Lyapunov exponents for random matrix products" (2010)
- corriger et améliorer les dessins hyperboliques (dim 2)
- supports pour les horocycles et les polygones fait de bords géodésiques et horocycliques
- nettoyer le code de Milton sur les substitutions géométriques (Ek star)
Compte-rendus
jeudi 10 février 2022
Jana, Pascal, Xavier, Sébastien
jeudi 3 février 2022
Une dizaine de participants aujourd'hui.
jeudi 27 janvier 2022
Projets pour Steffania qui a fait un cours sur les elliptic curves avec Xavier Caruso:
Des tickets à reviewer pour plus tard sur les elliptic curves suggérés par Vincent: https://trac.sagemath.org/ticket/33223
Improve the Installation Guide : https://doc.sagemath.org/html/en/installation/
Improve the documentation on elliptic curves: https://doc.sagemath.org/html/en/reference/arithmetic_curves/index.html
Installation de Sage sur MacOSX avec l'aide de Samuel Lelièvre:
----- Mail transféré ----- De: "Samuel Lelièvre" Pascal, Ça marcherait pareil quel que soit l'endroit où on l'installe, à mon avis. Voici une version avec ce choix en plus. ``` INSTALL_LOCATION=$HOME # or your choice of location SITE='https://github.com' DIRS='isuruf/sagemath-forge/releases/latest/download' FILE="sagemath-forge-$(uname)-$(uname -m).sh" cd $INSTALL_LOCATION curl -L -O $SITE/$DIRS/$FILE bash $FILE ``` Pour ce qui est de trouver Sage, j'ai oublié une indication. Une fois sagemath-forge installé, on a en fait installé une distribution Conda. On peut activer ou désactiver Conda. Lorsqu'il est activé, le PATH est modifié pour que tout ce qui a été installé via Conda soit accessible. Donc pour utiliser la version de Sage installée via Conda: ``` $ conda activate # on active Conda $ which sage /chemin/vers/sagemath-forge/bin/sage $ sage ┌────────────────────────────────────────────────────────────────────┐ │ SageMath version 9.4, Release Date: 2021-08-22 │ │ Using Python 3.8.12. Type "help()" for help. │ └────────────────────────────────────────────────────────────────────┘ sage: %colors Linux sage: quit Exiting Sage (CPU time 0m0.12s, Wall time 0m16.08s). $ conda deactivate # pour désactiver Conda ``` Si on veut que Conda soit toujours activé, ajouter dans un fichier exécuté au lancement du shell (dans `$HOME/.bash_profile` par exemple, si on utilise bash) une commande qui l'active: ``` conda activate ``` Amitiés, --Samuel
Voir aussi: https://doc.sagemath.org/html/en/installation/conda.html
juillet 2021 à janvier 2022
On a eu plusieurs réunions dont on a pas parlé ici.
Séance introduction 10 juin 2021
* pdf de présentation (Vincent Delecroix)
jeudi 8 avril 2021
Suggestion de Vincent Delecroix à Pascal Weil:
Inversion of a group homomorphism on the free group:
Free group in SageMath:
sage: F = FreeGroup(["a", "b"]) sage: a, b = F.gens() sage: phi = libgap.GroupHomomorphismByImages(F, F, [a*b, b]) sage: phi.Inverse() [ a*b, b ] -> [ a, b ] sage: libgap.Inverse(phi) # alternative for the above (what is actually called in GAP) [ a*b, b ] -> [ a, b ] sage: phi.Inverse().Image(a) a*b^-1 sage: libgap.Image(phi.Inverse(), a) # alternative for the above a*b^-1 sage: libgap.Image(phi.Inverse(), b) b
Or to get the inverse image in their “SageMath version”:
sage: F(libgap.Image(phi.Inverse(), a)) a*b^-1 sage: F(libgap.Image(phi.Inverse(), b)) b
Conversion to and from words:
sage: F(a*a*b*a**-1*b*b*b).Tietze() (1, 1, 2, -1, 2, 2, 2) sage: F((1,2,-1,-1)) a*b*a^-2
janvier 2020 à mars 2021
Nous avons continué les séances sans en faire de résumé ici.
jeudi 16 janvier 2020
Présents: Sébastien, Jennifer, Pascal, Casey
Aujourd'hui, on a revu les différences en Python2 et Python3. On trouvera ici un résumé des changements dans le passage à Python 3:
https://docs.python.org/3.0/whatsnew/3.0.html
https://stackoverflow.com/questions/5031625/python-3-syntax-changes
On a aidé Pascal à faire fonctionner sage-9.0 sur OSX. Les nouvelles versions de OSX ont des contraintes de sécurité contraignantes empêchant d'ouvrir Sage comme répondu ici par Sylvain:
https://ask.sagemath.org/question/49572/sage-90-installation-issues-on-macos-10152-catalina/
Finalement, Casey et Jennifer ont testé la nouvelle interface jupyterlab que l'on peut installer comme suit:
sage –pip install jupyterlab
et ouvrir comme suit:
sage –n jupyterlab
Tel que rappelé ici sur ask, rappelons que quelques commandes sont nécessaires après l'installation d'une version brute de SageMath avant de pouvoir utiliser pip et installer un package comme jupyterlab:
cd $SAGE_ROOT ./sage -i openssl && ./sage -f python3 && make ssl sage –pip install jupyterlab
jeudi 9 janvier 2020
SageMath vient de passer à Python 3, version 3.7.3:
┌────────────────────────────────────────────────────────────────────┐ │ SageMath version 9.0, Release Date: 2020-01-01 │ │ Using Python 3.7.3. Type "help()" for help. │ └────────────────────────────────────────────────────────────────────┘ sage:
jeudi 14 nov 2019
Présents: Sébastien, Jennifer, Pascal
On a parlé de mutabilité, de fonctions de hash et structures de données en Python.
Passage à Python 3: voir ce message de mars 2005 de Guido van Rossum au sujet de map, filter, lambda, reduce.
Sébastien corrige les problèmes associé à la méthode hash dans son package slabbe. En effet, le nouveau comportement de hash en Python 3 est expliqué ci-bas:
fichier.py content: r""" New Hash behavior in Python 3 This works in python2:: $ python2 fichier.py 8743430846773 20 25 But it does not work in Python3:: $ python3 fichier.py 8759442356870 20 Traceback (most recent call last): File "fichier.py", line 16, in <module> print(hash(Fraise(25))) TypeError: unhashable type: 'Fraise' The reason is to keep the principle "if A = B implies hash(A) == hash(B)" valid. In Python 3, the default is that objects are hashable by their id (class Vegetable in the example below). But as soon as the equality `__eq__` is defined (class Fruit in the example below), one must define the `__hash__` method. And this is the case even if it is defined in the parent (class Fruit in the example below). """ class Vegetable(object): def __init__(self, a): self._a = a class Fruit(object): def __init__(self, a): self._a = a def __hash__(self): return hash(self._a) class Fraise(Fruit): def __eq__(self, other): return self._a == other._a print(hash(Vegetable(10))) print(hash(Fruit(20))) print(hash(Fraise(25)))
jeudi 7 nov 2019
Présents: Sébastien, Casey, Jennifer, Sebastian, Pascal, Julien Leroy
Pascal nous a présenté son package stallings_graphs
31 octobre au 3 novembre 2019
Conférence PyCON à Bordeaux: https://www.pycon.fr/2019/
jeudi 23 mai 2019
Présents: Sébastien, Vincent K, Pascal
Sébastien: création d'un fichier de test (en rst) contenant le code contenu dans l'article http://arxiv.org/abs/1802.03265 pour assurer la reproducibilité des résultats à long terme.
Vincent K:
Complétion de #27777
- Échanges avec Sébastien sur les intégrales monte carlo.
jeudi 16 mai 2019
Présents: Sébastien, Vincent K, Pascal, Adrien
jeudi 9 mai 2019
Présents: Sébastien, Vincent K, Pascal
Sébastien:
posé une question au sujet des tag build et dochtml sur sage-devel
- discuté avec Pascal sur l'utilisation du package traintrack
#27781 needs review et création de #27782 et #27783
jeudi 2 mai 2019
Présents: Sébastien, Vincent K, Xavier
Sébastien: amélioration de la documentation et du README de slabbe pour corriger le bug d'affichage sur PyPI. Il y a une nouvelle ligne long_description_content_type à mettre dans le fichier setup. Voir ici: making a PyPI friendly README.
jeudi 11 avril 2019
Présents: Pascal, Vincent K
Vincent K:
gmpy2 : Permettre aux objets mpq d'être initialisée avec des entiers sage : issue #237, PR #240
gmpy2 : Modifications pour ne pas appeler mpc_cmp_abs pour les anciennes version de mpc : issue #238, PR #239
- Discussion avec Pascal sur le passage à python3 des packages.
jeudi 4 avril 2019
Présents: Adrien, Pascal, Vincent K
jeudi 21 mars 2019
Présents: Adrien, Sébastien, Vincent K, Xavier
Vincent: gmpy2: PR #231: Résolution de compilation warnings, et d'erreurs de doctests, ajout d'un flag de doctests pour les cas ou l'on utilise une version de mpc < 1.0.0.
- Adrien: split tikz code in polyomino module
- Sébastien: correction de failing doctests dans le package slabbe
jeudi 14 mars 2019
Présents: Sébastien, Vincent K, Pascal, Jean-Philippe Labbé
Pascal et Sébastien:
Problème de compilation de la documentation du package stallings_graph de Pascal. Solution: il faut importer tout le cmd_line de sage dans le fichier __init__.py du package pour que Sphinx soit content.
JP:
#24905 Upgrade polymake to version 3.2r4
Vincent:
- sage/polymake: Problèmes de compilation de polymake avec Jean-Philippe Labbé.
- gmpy2: Ajout de tests de couverture (opérations binaires).
jeudi 7 mars 2019
Présents: Sébastien, Vincent K, Pascal, Adrien
Pascal et Sébastien:
Création de la documentation d'un package avec Sphinx (sphinx-quickstart, fichiers rst, conf.py, etc.)
jeudi 28 février 2019
Présents: Sébastien, Vincent K
Jeudi sage éclair : Discussion d'une demi-heure environ sur les tickets #25614 et #26592
Sébastien:
#25614 (needs review)
Vincent K:
Review #25614 (positive review)
jeudi 21 février 2019
Pause.
jeudi 14 février 2019
Présents: Vincent K, Pascal
CONFERENCE, Free Computational Mathematics, Calcul mathématique libre, CIRM Luminy, 11 - 15 February 2019
jeudi 7 février 2019
Présents: Sébastien, Vincent K
jeudi 31 janvier 2019
Présents: Sébastien, Vincent K, Adrien, Pascal
Sébastien:
#25535 (needs review)
Vincent K:
Review #25535 (positive review)
Echanges avec Adrien sur l'avenir de la class Derangement #26886
pplpy: suivi et tests de solution sur le sujet de la génération de la doc sphinx par sage. #23024
jeudi 24 janvier 2019
Présents: Sébastien, Vincent K, Adrien
Comment installer et utiliser RISE, une extension du Jupyter Notebook pour faire des présentations éditables. Il ne suffit pas de l'installer il faut aussi recopier les css au bon endroit. Il suffit de faire:
sage -pip install rise sage -sh jupyter-nbextension install rise --py --sys-prefix
Après on peut consulter ce démo sur youtube et la doc est ici.
jeudi 17 janvier 2019
Atelier PARI/GP 2019
jeudi 10 janvier 2019
Présents: Sébastien, Vincent K, Pascal, Xavier
Sébastien
#25384 sage --jupyter command line (needs review)
Vincent
review #25535
- cysignals windows.
jeudi 20 décembre 2018
Présents: Sébastien, Vincent K, Pascal, Adrien
Sébastien:
#26361 Glucose SAT solver (needs review)
#25501 Few failing internet doctests in mma_free_integrator (needs review)
#26920 2 failing doctests in sql_db.py (création du ticket)
#26921 1 internet doctest failing in combinat/tutorial.py (création du ticket, needs review)
Vincent:
cysignals-windows : Nouvelles évolutions et rebases sur la PR-76
Dans le cadre du ticket [[https://trac.sagemath.org/ticket/26884|#26884]. Discussion avec Adrien sur les notions de morphism
et parent commun.
jeudi 13 décembre 2018
Présents: Sébastien, Vincent K, Pascal, Xavier, Adrien, Florent
10h-10h20: un exposé de Florent Hivert, Expérimentations haute performance en combinatoire algébrique et énumérative
Sébastien:
comparaison des MILP solvers, SAT solvers et dancing links via des pavages par tuiles de Wang, les détails sur ce blogue
- reviewé le code de Adrien sur les polyomino parallélogrammes (positive review!!)
(needs review) correction de l'utilisation de Wolfram Alpha #25501 grâce au code suggéré par Amaury Pouly
jeudi 29 novembre 2018
Présents: Sébastien, Vincent K, Pascal
Sébastien:
Review des polyominos paralélogrammes #16110
- Discussion avec Pascal sur la création de son package, des dépendances, et de l'utilisation de git.
jeudi 22 novembre 2018
Présents: Adrien, Vincent K.
Vincent K:
jeudi 15 novembre 2018
Présents: Adrien, Vincent K., Sébastien, Pascal, Xavier, Ilya
Avec Ilya, nous avons trouvé trois lignes de code pour que les .plot() ouvre des pdf plutôt que des png:
sage: from sage.repl.rich_output import get_display_manager sage: dm = get_display_manager() sage: dm.preferences.graphics = 'vector' # value must be unset (None) or one of ('disable', 'vector', 'raster')
All tests passed in the package of Pascal!
Vincent K:
Sortie de la dernière version de gmpy2:
- Tests de gmpy2
Mise à jour et tests du package sage gmpy2 #25519
- Examen avec Adrien des erreurs sage python3 du module modular/hecke
jeudi 8 novembre 2018
Présents: Adrien, Vincent K., Sébastien, Pascal, Xavier
Sébastien, Pascal: création d'un package Python sur les Finitely generated subgroups
Adrien: finalisation des corrections sur les polyominos paralélogrammes #16110
Vincent K.:
Review #26651 (positive review)
- Examen avec Adrien d'une différence py2 - py3 apparue sous root_lattice_realizations.py.
Ouverture #26659
Xavier: Coder les piecewise affine function dans Sage
jeudi 1 novembre 2018
vacances de la Toussaint
jeudi 25 octobre 2018
Présents: Adrien, Vincent K., Sébastien, Andrew.
Sébastien: Création d'un package pour glucose dans Sage: #26552
jeudi 18 octobre 2018
Présents: Pascal, Adrien, Vincent K., Sébastien.
Sébastien: Discussion avec Pascal sur son projet de Stallings graphs. Création de #26502
jeudi 11 octobre 2018
Présents: Pascal, Adrien, Vincent K.
Sébastien (au Québec) a fait la revue de #26486 (clean distances_all_pairs.pyx) et #26348 (3 other internet doctests failing in findstat.py) et a bossé sur: #26473 (py3: fix doctests failures of sage/combinat/words/word_*datatype*)
jeudi 4 octobre 2018
Présents: Pascal, Adrien, Vincent K.
Sébastien (au Québec): #25378 (I/O operation on closed file when sage -t --optional=sage,external --logfile is_provided.log)
Jeudi 5 juillet 2018
Présents: Sébastien, Vincent K.
Sébastien:
Jeudi 28 juin 2018
Présents: Pascal, Milton, Vincent K.
Milton nous as présenté ses travaux sur les fractions continues multidimensionnelles.
Vincent K. :
#25661: Implémentation et tests.
- cysignals-windows: Rebase sur la prochaine version cysignals.
Jeudi 21 juin 2018
Présents: Vincent K, Sébastien, Nicolas, Mélodie, Milton
Sébastien:
Jeudi 14 juin 2018
Présents: Pascal, Vincent K.
Jeudi 7 juin 2018
Présents: Pascal, Sebastien, Vincent D., Vincent K., Elise Vandomme ... (à compléter)
Jeudi 31 mai 2018
Présents : Pascal, Milton, Vincent K
Jeudi 24 mai 2018
Présents : Sébastien, Pascal, Milton, Vincent K, Andrew
- 10h à 10h10: Andrew, C code to solve system of functional equations for series
Sébastien:
Jeudi 17 mai 2018
Présents : Sébastien, Pascal, Milton, Vincent K, Vincent D, Mélodie, Nadia, David, Yvan, Michael
10h à 10h10: Yvan Le Borgne, utilisation de Jupyter pour faire des présentations https://www.labri.fr/perso/borgne/Jupyter/
10h15 à 10h25: Michael Wallner, utilisation de gfun dans maple, http://perso.ens-lyon.fr/bruno.salvy/software/the-gfun-package/
10h30 à 10h40: S. Labbé, démo de code C, Cython et Python dans SageMath. Voir les fichiers dancing_links.pyx et dancing_links.h dans le github de SageMath qui interfacent en Cython une implémentation C++ de l'algorithme Dancing Links de Donald Knuth.
Utilisation de code C dans un fichier externe dans une cellule Jupyter grâce à Cython
Contenu du fichier test.c:
int my_function(int x) { return x*x; }
Contenu du fichier test.h:
int my_function(int x);
Contenu d'une cellule Jupyter dans le même répertoire que les fichiers test.h et test.c:
%%cython # distutils: sources = test.c cdef extern from "test.h": int my_function(int) def my_function_wrapper(int a): return my_function(a)
Contenu d'une autre cellule normale:
my_function_wrapper(10)
Vincent D:
Sébastien:
new ticket #25378
Mélodie:
new ticket #25384
Jeudi 10 mai 2018
Congé.
Jeudi 3 mai 2018
Présents : Sébastien, Pascal, Milton
- Discussion sur l'égalité et la décomposition en cycles pour les sous-groupes finiment engendrés du groupe libre
- Discussion sur les Tree Patch et substitutions d'arbres
Jeudi 26 avril 2018
Présents : Vincent K, Sébastien, Pascal
Sébastien a fait la relecture de #25218
- Discussion sur la création de classes pour les sous-groupes finiment engendrés du groupe libre
Jeudi 19 avril 2018
Présents : Vincent K, Vincent D, Milton, Pascal
- Pascal a présenté son projet sur les Stallings graphs
Jeudi 12 avril 2018
Présents : Sebastien Labbé et Vincent Klein
- Vincent : (cysignals-windows). Dev et test sur le monkey patch des distutils pour cysignals.
Jeudi 5 avril 2018
Présents : Sebastien Labbé, Milton et Vincent Klein
Sébastien a fait la relecture de #24880
Milton et Sébastien ont finalisé l'utilisation du Minkowski embedding coder la projection des k-faces dans les substitutions géométriques : https://github.com/miltminz/EkEkstar
- Vincent K. :
- #24880: Gestion retours et passage en need_review.
- #24966: Test sous High Sierra.
Jeudi 29 Mars 2018
Pause, trop d'absent.
Jeudi 22 Mars 2018
Présents : Sebastien Labbé, Pascal Weil, Milton et Vincent Klein
Milton nous a fait une démo de son code sur les substitutions géométriques : https://github.com/miltminz/EkEkstar
- Pascal : Random Stallings graphs
- Vincent K : cysignals-windows : Rebase et tests.
Sébastien : Aide et écriture de la démo de Milton en demo.rst et demo.ipynb
Jeudi 15 Mars 2018
- Pascal : Random Stallings graphs
Vincent K : Ouverture https://github.com/sagemath/cysignals/issues/75 et merge de branches.
- Sébastien : Aide et travail sur Wang tilings
Jeudi 8 Mars 2018
- Vincent D
creating #24927 (arb upgrade)
improving #24575 (make and LD_LIBRARY_PATH mess) (voir aussi #24902)
- Vincent K
Passage en need review #23852 (length-checking iterator).
- cysignals-windows: Fix patch distutils pour python3.4 64 bits.
Jeudi 8 Février 2018
9 participants!
Jeudi 1er Février 2018
- démo par Vincent Delecroix et Bill Allombert du calcul de groupes de Galois
- tentative de reproduire les calculs de Shigeki Akiyama sur les polytopes qui minimise l'aire de surface
Jeudi 25 janvier 2018
Présents : Sebastien Labbé, Milton et Vincent Klein
Vincent K.
- cysignals : Etude d'une implémentation sous windows.
Suivi sur #22928
Jeudi 18 janvier 2018
Présents : Pascal Weil, Sebastien Labbé et Vincent Klein
Vincent K.
- Echanges avec Pascal Weil
- cypari2 : Retours sur la proposition des unittest.
- Point d'avancement odk avec Seb.
Jeudi 21 décembre 2017
- .. todo ...
Jeudi 14 décembre 2017
Sébastien Labbé et Pascal Weil:
Génération aléatoire de graphes de Stallings, le code est ici: partial_injection.py
Jeudi 30 Novembre 2017
Vincent D
discussion sur la parentalité et les catégories https://trac.sagemath.org/ticket/21380
Sébastien et Vincent D:
Génération aléatoire et uniforme d'injections partielles (question de Pascal Weil) partial_injection.py
Vincent K
Syntax higlihting sur le kernel jupyter de singular OpenDreamKit #175, PR #7.
Jeudi 16 Novembre 2017
Vincent K :
gmpy2 résolution issue #170.
#22928 conversion entre nombres complexes sage et type gmpy2.
Jeudi 19 octobre 2017
- Sebastien nous as présenté son package slabbe
- Auditeurs : Philippe, José, Vincent K.
Jeudi 12 octobre 2017
- (Vincent D) présentation du logiciel Sage (auditeurs: Philippe, Lamine). L'objectif était de montrer comment manipuler des équations (algébriques ou symboliques)
Jeudi 21 septembre 2017
- Présentation de Vincent Klein
- Présentation d'Aurel Page
Jeudi 14 septembre 2017
Sébastien:
Review du ticket #23779 (positive_review): dev_tools is wrongly using globals()
Review du ticket #23849 (positive_review): Remove deprecation from optional_packages documentation and friends
Review du ticket #23851 (positive_review): Fix memoryleak introduced in #11670
Review du ticket #23860 (positive_review): C++ clean up in dancing_links.pyx
Vincent D:
s'est battu bat avec GAP #23844, #23853, #23854, les graphes (nauty est génial!) et les polynômes de Laurent #23864
Vincent K:
Travail sur la generation de tests pour cypari2
Syntax Highlightning de pari-jupyter : Tentative d'installation du kernel de gap issue #43
Jeudi 29 juin 2017
Vincent K.
Review du ticket #22889 (positive_review)
Jeudi 22 juin 2017
Sylvain L. est venu nous présenter Wali (la suite de Vaucanson)! Intégration dans Sage en prévision... à suivre!
Vincent D.
demande d'intégration (traduction approximative de "pull request") à gmpy2 DI #148 et DI #149
issue #150 dans gmpy2
DI #12784 dans sympy pour régler issue #12753. Et portage dans Sage avec le ticket #23248
travail dans pypolymake autour de issue #12
nouveau ticket #23309 pour rendre gmpy2 standard
Vincent K.
Travail sur #22928 et #22927, integration du type gmpy.mpfr avec les nombres sage.
Ouverture du ticket #23308
Jeudi 15 juin 2017
Sébastien L is reviewing:
#23162 (positive_review) Give a warning when using citation.get_systems() without Cython profiling
#16110 (needs work with 21 comments:) Parallelogram Polyomino
Vincent K
Vincent D
- Travil sur pplpy (problème de pickling)
Ouverture du ticket #23248
Mardi 13 juin 2017
Vincent K
Travail sur pplpy. Notamment issue #22
jeudi 1 juin 2017
Adrien is working on ticket #16110 of Parallelogram polyominoes.
Vincent K
Travail sur l'intégration de pplpy dans sage (#23024)
jeudi 18 mai 2017
Sébastien is reviewing the following tickets and making sure they work on OSX:
#22999: update cmake to version 3.8.1
#22817: Package cryptominisat 5
#22818: Interface cryptominisat 5
Vincent D & K
jeudi 11 mai 2017
Sébastien a reviewé:
(positive review) #21993: Polyhedron.integral_points(): Overflow Error: value too large to convert to int
(needs work) #21295: recognizable series (a base for k-regular sequences)
Vincent D a finalisé (needs review) #22970: use flint fmpq_mat for rational dense matrices
Vincent K a travaillé sur #22928: Conversions/coercions between gmpy2 and Sage
jeudi 13 avril 2017
Finalement, on a plutôt travaillé dans le grand bureau de Vincent K qui offrait du réseau.
petit test d'utilisation de gmpy2 en cython https://github.com/vinklein/testgmpy2 et début d'intégration dans pplpy
pull request pour installer les fichier d'en-tête avec gmpy2 https://github.com/aleaxit/gmpy/pull/130